厦门大学台湾研究院前身为厦门大学台湾研究所，成立于1980年7月9日，是全国最早成立的台湾研究学术机构，系教育部与福建省共建单位。下设政治、经济、历史、文学、两岸关系5个研究所和院办公室、文献信息中心、《台湾研究集刊》编委会。2004年2月19日经厦门大学批准，厦门大学台湾研究所改制为厦门大学台湾研究院，现有编制43名，其中教授9人，副教授10人。